Prirodoslovni muzej Rijeka uspješno je završio s aktivnim provođenjem dva europska projekata, LIKE i CLAUSTRA+, financiranih iz Programa prekogranične suradnje Interreg V-A Slovenija-Hrvatska u financijskom razdoblju od 2014. do 2020. godine.
Glavni ciljevi projekta LIKE bili su zaštita i obnova biološke raznolikosti te promocija usluga ekosustava, kroz uspostavljanje zajedničkog programa upravljanja i učinkovitog praćenja stanja Natura 2000 područja krškog ruba, uz primjenu inovativnih mehanizama uključivanja rekreativaca, volontera i prepoznatih ciljnih skupina u sustave upravljanja, te osiguranje održivog razvoja gospodarskih potencijala područja. Projekt se provodio od 1. rujna 2018. godine do 29. veljače 2020. godine, pri čemu je Muzej iskoristio 1.202.632,00 kuna, od čega je Europska unija sufinancirala 85 posto.
Kroz ovaj projekt, za potrebe istraživanja i zaštite različitih biljnih vrsta Muzej je nabavio opremu te je uređen i opremljen poseban dio Botaničkog vrta Muzeja. U Muzeju je osmišljen i realiziran edukativni program „Natura 2000“, u sklopu kojeg su pripremljeni on-line materijali dostupni javnosti te provedeno više od 40 radionica u Muzeju i izvan njega, a posjetiteljima Muzeja sada su dostupni edukativni i zabavni sadržaji o mreži Natura 2000 na uređajima s ekranima osjetljivima na dodir.
Projekt CLAUSTRA+ Prekogranična destinacija kulturnog i zelenog turizma Claustra Alpium Iuliarum obuhvaćao je skup aktivnosti za razvoj jedinstvenog turističkog proizvoda CLAUSTRA, njegovu promociju, oblikovanje kulturno-turističke rute i povezanih itinerera, te razvoj i izvedbu bogatog programa za posjetitelje. Projektom se uspostavio prekogranični konzorcij CLAUSTRA u kojem su svi važni dionici a povezuje i lokalne gospodarske subjekte.
Podizanje atraktivnosti destinacije CLAUSTRA realizirano je kroz aktivnu zaštitu i povećanje pristupačnosti arheoloških ostataka te njihovu aktivnu interpretaciju. Uz više slovenskih partnera u ovom projektu sudjelovali su i Hrvatski restauratorski zavod, Primorsko-goranska županija, Pomorski i povijesni muzej Hrvatskog primorja Rijeka, TZ Kvarnera te sam Prirodoslovni muzej Rijeka. Projekt se provodio od 1. kolovoza 2018. godine do 31. siječnja 2020. godine, pri čemu je Muzej iskoristio 1.026.220,92 kuna, od čega je Europska unija sufinancirala 85 posto sredstava.
Kroz projekt CLAUSTRA Muzej je nabavio potrebnu opremu te obavio terenska istraživanja na temelju kojih je izrađena studija modela vegetacije našeg područja u antičko doba. Organizirano je preko 50 edukativnih događaja, koji su uključivali predavanja, radionice i vodstva u muzeju i na terenu, a dva puta je održana manifestacija Rimska noć u prirodi. U Botaničkom vrtu Muzeja postavljena je i otvorena didaktička info-točka Rimski vrt s biljkama koje su Rimljani koristili i koje su nekada rasle na području zida Claustra.
Realizirana je i velika putujuća izložba o biljnim vrstama značajnim u životu starih Rimljana i Ilira “S obje strane zida”, koja je gostovala u Ljubljani te je nakon toga otvorena u Rijeci.